Habitat naturel, biodiversité : les leçons du COVID-19

La disparition de l’habitat et de la biodiversité s’intensifient à l’échelle mondiale. L’épidémie de Covid19 pourrait ouvrir une ère de pandémies de masse. Une nouvelle discipline, la santé planétaire, tente d’explorer notre futur pour mieux nous y préparer. Elle étudie les liens qui existent entre le bien-être des humains, les autres êtres vivants et les systèmes écologiques.

Commerce illégal d'espèces animales menacées (Möng La, Shan, Myanmar) Crédit-photo Dan Bennett via Wikimedia, licence CC BY 2.0.
publié le 6 avril 2020 par La Team



John Vidal est l’auteur de cet article, publié le 17 mars 2020 par l’ONG Ensia. Version française réalisée sous la coordination d’Open Lande, par Gaud Luneau, Sophie Dozinel, Isabelle Annycke et Walter Bouvais. Ce texte est libre de droit. Il peut être reproduit et diffusé librement avec mentions claires de la source Ensia, de son auteur John Vidal et de la traduction Open Lande, ainsi qu’un renvoi vers la présente page.

Mayibout 2 n’est pas un endroit sain. Les quelque cent cinquante habitants du village, situé sur la rive sud de la rivière Ivindo, au cœur de la grande forêt Minkebe au nord du Gabon, sont habitués à des épisodes occasionnels de maladies telles que le paludisme, la dengue, la fièvre jaune et la maladie du sommeil. Généralement, ils n’y prêtent que peu d’attention.
Mais en 1996, Ebola, un virus mortel alors à peine connu des humains, s’est propagé de manière inattendue hors de la forêt en une vague de petites épidémies. La maladie a tué 21 des 37 villageois qui auraient été infectés. Un certain nombre d’entre eux avaient transporté, dépecé, coupé ou mangé un chimpanzé de la forêt voisine.

Les « points chauds » de la biodiversité

J’ai voyagé à Mayibout 2 en 2004 pour enquêter sur les raisons de l’apparition de maladies mortelles nouvelles pour l’homme dans des « points chauds » de la biodiversité, comme les forêts tropicales humides et les marchés de gibier dans les villes africaines et asiatiques.
Il a fallu une journée en canoë, puis de nombreuses heures sur des routes forestières dégradées, traversant les villages des Baka et une petite mine d’or, pour atteindre le village. Là, j’ai trouvé des personnes traumatisées qui craignaient toujours que le virus mortel, qui tue jusqu’à 90% des personnes qu’il infecte, ne revienne.

Avant, nous aimions la forêt. Maintenant nous en avons peur

Les villageois m’ont raconté comment des enfants étaient entrés dans la forêt avec des chiens qui avaient tué un chimpanzé. Ils ont dit que tous ceux qui l’avaient cuisiné ou mangé avaient eu une fièvre terrible en quelques heures. Certains étaient morts immédiatement, tandis que d’autres avaient été transportés par la rivière à l’hôpital. Quelques-uns, comme Nesto Bematsick, s’étaient rétablis. « Nous aimions la forêt, maintenant nous en avons peur », m’a-t’il dit. Beaucoup de membres de la famille de Bematsick sont morts.

Il y a seulement une décennie ou deux, on pensait largement que les forêts tropicales et les environnements naturels intacts, regorgeant de faune exotique, menaçaient les humains en hébergeant les virus et les agents pathogènes. Ces derniers conduisent à de nouvelles maladies chez l’homme comme Ebola, le VIH et la dengue.

(image /L’exploitation forestière et autres perturbations de l’habitat créent de nouvelles possibilités pour les organismes pathogènes de passer des animaux non humains aux humains. Photo par euflegtredd de Flickr sous licence CC BY-NC-SA 2.0)

La santé planétaire, un nouvelle discipline scientifique

Mais un certain nombre de chercheurs pensent aujourd’hui que c’est en fait la destruction de la biodiversité par l’humanité, qui crée les conditions pour que de nouveaux virus et maladies comme le COVID-19, la maladie virale apparue en Chine en décembre 2019, surviennent. Cela, avec de profonds impacts sanitaires et économiques dans les pays riches comme les pays pauvres.

En fait, une nouvelle discipline, la santé planétaire, fait son apparition et se concentre sur les liens de plus en plus visibles entre le bien-être des humains, les autres êtres vivants et les écosystèmes tout entiers.
Est-il possible alors que ce soit l’activité humaine, comme la construction de routes, l’exploitation minière, la chasse et l’exploitation forestière, qui ait déclenché les épidémies d’Ebola à Mayibout 2 et ailleurs dans les années 1990 et qui déclenche aujourd’hui de nouvelles terreurs ?

Quand les virus cherchent un nouvel hôte

« Nous envahissons les forêts tropicales et autres territoires sauvages, qui abritent tant d’espèces d’animaux et de plantes – et parmi ces créatures, tant de virus inconnus », a récemment écrit dans le New York Times David Quammen, l’auteur de Spillover: Animal Infections and the Next Pandemic. « Nous coupons les arbres; nous tuons les animaux ou les mettons en cage et nous les envoyons sur les marchés. Nous perturbons les écosystèmes et nous expulsons les virus de leurs hôtes naturels. Lorsque cela se produit, ils ont besoin d’un nouvel hôte. Et nous sommes souvent celui-ci ».

Une menace croissante pour la santé, la sécurité, les économies

Ce rapport de la Royal Society suggère que les épidémies de maladie d’origine animale et d’autres maladies infectieuses comme Ebola, le SRAS, la grippe aviaire et maintenant le COVID-19, causé par un nouveau coronavirus, sont en augmentation. Les agents pathogènes se transmettent des animaux aux hommes, et beaucoup sont désormais capables de se propager rapidement vers de nouveaux endroits. Le CDC  (Centre pour le Contrôle et la prévention des Maladies) aux États-Unis estime que les trois-quarts des maladies « nouvelles ou émergentes » qui contaminent l’homme sont d’origine animale non humaine.

Lassa, Nipah, SRAS, MERS, Zika, Covid19…

Certaines d’entre elles, comme la rage et la peste, ont été transmises par des animaux il y a des siècles. D’autres, comme le virus Marburg, qui serait transmis par les chauves-souris, sont encore rares. Quelques-unes, comme le COVID-19, qui a émergé l’année dernière à Wuhan, en Chine, et le MERS, qui est relié aux chameaux au Moyen-Orient, sont nouveaux pour l’homme et se répandent partout dans le monde.

Les autres maladies qui se sont propagées à l’homme incluent la fièvre de Lassa qui a été identifiée pour la première fois en 1969 au Nigéria ; le virus Nipah de Malaisie ; et le SRAS en provenance de Chine, qui a tué plus de 700 personnes et voyagé dans trente pays entre 2002 et 2003. Certaines, comme Zika et le virus du Nil occidental, qui ont émergé en Afrique, ont muté et se sont établies sur d’autres continents.

Kate Jones, présidente du Département Ecologie et Biodiversité à l’University College of London (UCL), qualifie les maladies infectieuses émergentes d’origine animale de «menace croissante et majeure au niveau mondial pour la santé, la sécurité et les économies».

Effet d’amplification

En 2008, elle et une équipe de chercheurs ont identifié 335 maladies apparues entre 1960 et 2004. Au moins 60% d’entre elles étaient d’origine animale non humaine. Selon Kate Jones, de plus en plus de ces zoonoses sont liées aux changements écologiques et aux comportements humains.

Les perturbations des forêts vierges dues à l’exploitation forestière, à l’exploitation minière, à la construction de routes dans des zones reculées, l’urbanisation rapide et la croissance démographique, conduisent les hommes à avoir des contacts plus étroits avec des espèces animales dont ils n’auraient pu  être aussi proches auparavant, précise Kate Jones.

Un coût caché du développement économique

La transmission de maladies de la faune sauvage vers l’homme qui en résulte est maintenant « un coût caché du développement économique humain« , estime Kate Jones. « Nous sommes tellement plus nombreux, dans tous les environnements. Nous allons dans des endroits encore largement intacts et sommes de plus en plus exposés. Nous créons des habitats là où les virus se transmettent plus facilement, puis nous nous étonnons d’en découvrir de nouveaux ».

Kate Jones étudie comment le changement de l’utilisation des terres contribue à ce risque. « Nous recherchons comment les espèces dans des habitats dégradés sont susceptibles de transporter plus de virus qui peuvent se transmettre à l’homme », dit-elle. « Des systèmes plus simples produisent un effet d’amplification. Détruisez les habitats et les espèces qui restent sont celles par lesquelles les hommes attrapent les maladies. »

Le risque n’est pas nouveau, mais les villes ne sont plus épargnées

« Il existe d’innombrables agents pathogènes dans la nature qui continuent d’évoluer ce qui, à un moment donné, pourrait représenter une menace pour les hommes », explique Eric Fevre, président du département des maladies infectieuses vérérinaires de l’Institut des infections et de la santé mondiale de l’Université de Liverpool (http://www.liv.ac.uk/infection-and-global-health/). « Ce risque [que des agents pathogènes passent des animaux aux hommes] a toujours été là ».

La différence entre aujourd’hui et il y a quelques décennies, selon Fevre, c’est que les maladies sont susceptibles de surgir à la fois dans des environnements urbanisés et naturels. « Nous avons créé des zones densément peuplées où vivent, à nos côtés, des chauves-souris, des rongeurs, des oiseaux, des animaux de compagnie et d’autres espèces vivantes. Cela créé une interaction intense et des opportunités de transmission d’une espèce à l’autre », dit-il.

La partie émergée de l’iceberg

« Les agents pathogènes ne respectent pas les limites des espèces», explique Thomas Gillespie, professeur agrégé au sein du Département des sciences de l’environnement (http://envs.emory.edu/home/index.html) de l’Université Emory. Spécialiste de l’écologie des maladies, il étudie comment la diminution des habitats naturels et le changement des comportements augmentent les risques de propagation des maladies des animaux vers les humains.

«Je ne suis pas du tout surpris de l’épidémie de coronavirus», dit-il. «La majorité des agents pathogènes restent encore à découvrir. Nous ne voyons ici que la partie émergée de l’iceberg « .

La faune sauvage est mise sous pression… par les humains

Les êtres humains, selon Thomas Gillespie, créent les conditions pour la propagation des maladies en réduisant les barrières naturelles entre les animaux hôtes du virus – dans lesquels le virus circule naturellement – et eux-mêmes. «Nous nous attendons complètement à l’arrivée d’une pandémie de grippe; nous pouvons nous attendre à des morts humaines à grande échelle; on peut s’attendre à d’autres agents pathogènes ayant d’autres impacts. Une maladie comme Ebola ne se propage pas facilement. Mais quelque chose avecle taux de mortalité d’Ebola propagé par quelque chose comme la rougeole serait catastrophique », souligne Thomas Gillespie.

Partout, la faune sauvage est soumise à plus de pression, dit-il. «Les changements majeurs dans l’environnement entraînent une perte d’habitat pour les animaux, ce qui signifie que les espèces se regroupent et entrent également davantage en contact avec les humains. Les espèces qui survivent au changement se déplacent et se mélangent maintenant avec différents animaux et avec les humains. »

Une nouvelle discipline émerge : la santé planétaire

Thomas Gillespie le constate aux États-Unis, où les banlieues qui fragmentent les forêts augmentent le risque que les humains contractent la maladie de Lyme. «La transformation de l’écosystème affecte le cycle complexe de l’agent pathogène de Lyme. Les personnes vivant à proximité sont plus susceptibles d’être mordues par une tique portant la bactérie Lyme », dit-il.

Pourtant, la recherche en santé humaine prend rarement en compte les écosystèmes naturels environnants, déclare Richard Ostfeld, éminent scientifique de l’Institut Cary des Études des écosystèmes de Millbrook (État de New York). Avec d’autres collègues, il développe une nouvelle discipline de la santé planétaire, qui examine les liens entre la santé humaine et la santé des écosystèmes.

Ce n’est pas la nature qui est nuisible, ce sont les activités humaines

« Il y a une méprise de la part des scientifiques et du public qui voient les écosystèmes naturels comme une source de menaces pour les humains. C’est une erreur. La nature fait peser des menaces, c’est vrai, mais ce sont les activités humaines qui sont vraiment nuisibles. Les risques pour la santé dans un environnement naturel peuvent être aggravés dès lors que nous interférons avec lui », souligne-t-il. 

Richard Ostfeld désigne les rats (http://envs.emory.edu/home/index.html) et les chauves-souris (https://www.cdc.gov/vhf/ebola/transmission/index.html), fortement liés à la propagation directe et indirecte des zoonoses. «Les rongeurs et certaines chauves-souris prospèrent lorsque nous perturbons les habitats naturels. Ils sont les plus susceptibles de favoriser la transmission d’agents pathogènes. Plus nous perturbons les forêts et les habitats, plus nous nous mettons en danger », dit-il.

Felicia Keesing, professeur de biologie au Collège Bard (État de New York), étudie comment les changements environnementaux influencent la probabilité que les humains soient exposés à des maladies infectieuses. «Lorsque nous érodons la biodiversité, nous constatons une prolifération des espèces les plus susceptibles de nous transmettre de nouvelles maladies. Mais il existe également de bonnes preuves que ces mêmes espèces sont les meilleurs hôtes pour les maladies existantes», écrit-elle dans un courriel adressé à Ensia.

La connexion aux marchés de « produits frais »

Les spécialistes de l’écologie des maladies affirment que les virus et autres pathogènes sont également susceptibles de passer des animaux aux humains sur les nombreux marchés informels qui ont vu le jour pour fournir de la viande fraîche aux populations urbaines en rapide croissance autour du monde.

Ici, les animaux sont abattus, découpés et vendus sur place. Le « marché de produits frais » (animaux vivants, viandes et poissons frais périssables) à Wuhan, considéré par le gouvernement chinois comme le point de départ de la pandémie actuelle de COVID-19, était connu pour proposer de nombreux animaux sauvages, notamment des louveteaux vivants, des salamandres, crocodiles, scorpions, rats, écureuils, renards, civettes et tortues.

L’effet tourbillon De même, les marchés urbains en Afrique de l’ouest et en Afrique centrale voient des singes, des chauves-souris, des rats et des dizaines d’espèces d’oiseaux, mammifères, insectes et rongeurs abattus et vendus à proximité de décharges ouvertes et sans drainage.

« [Ces marchés]agissent comme unparfait tourbillon pour la transmission inter-espèces d’agents pathogènes», explique Thomas Gillespie. « Àchaque fois que vous avez de nouvelles interactions avec une variété d’espèces en un même endroit, que ce soit dans un environnement naturel comme une forêt ou un marché de produits frais, vous pouvez avoir un débordement. »

L’interdiction de vente n’est pas la réponse

Le marché de Wuhan, et d’autres vendant des animaux vivants, a été fermé par les autorités chinoises et le gouvernement a interdit en févrierhttps://www.nytimes.com/2020/02/27/science/coronavirus-pangolin-wildlife-ban-china.html le commerce et la consommation d’animaux sauvages, à l’exception des poissons et des fruits de mer. Mais l’interdiction de vendre des animaux vivants dans les zones urbaines ou les marchés informels n’est pas la réponse, affirment certains scientifiques.
«Le marché de Lagos est réputé. C’est comme une bombe nucléaire qui attend d’exploser. Mais il n’est pas juste de diaboliser les endroits qui n’ont pas de réfrigérateur. Ces marchés traditionnels fournissent une grande partie de la nourriture pour l’Afrique et l’Asie », explique Kate Jones.

Des millions de personnes en dépendent pour se nourrir

«Ces marchés sont des sources essentielles de nourriture pour des centaines de millions de pauvres et il est impossible de s’en débarrasser », explique Delia Grace, épidémiologiste senior et vétérinaire à l’institut international de recherche sur le bétail, basé à Nairobi, au Kenya. Elle soutient que les interdictions forcent les commerçants à la clandestinité, où ils peuvent accorder moins d’attention à l’hygiène.

[Les chercheurs Éric Fèvre et Cecilia Tacoli], soutiennent dans un article de blog (https://www.iied.org/coronavirus-threat-looms-large-for-low-income-cities) que «plutôt que de pointer du doigt [ce type de] marchés », nous devrions examiner le commerce naissant d’animaux sauvages.

Scruter le commerce des animaux sauvages

«Ce sont les animaux sauvages et non les animaux d’élevage qui sont les hôtes naturels de nombreux virus», écrivent-ils. «Les marchés de produits frais sont considérés comme faisant partie du commerce alimentaire informel, souvent accusé de contribuer à la propagation des maladies. Mais… les preuves montrent que le lien entre les marchés informels et la maladie n’est pas toujours aussi clair. »

Changer nos comportements

S’il est possible d’agir, que pouvons-nous faire?

Kate Jones estime que le changement doit venir à la fois des sociétés riches et pauvres. La demande en bois, minerais et (autres) ressources des pays du Nord mène aux paysages dégradés et aux perturbations écologiques qui conduisent aux maladies. « Nous devons penser à la biosécurité mondiale, trouver les points faibles et renforcer les services de santé dans les pays en développement. Autrement nous pouvons nous attendre à la même chose en pire », dit-elle.

« Les risques sont plus grands maintenant. Ils ont toujours été présents et ce depuis plusieurs générations. Ce sont nos rapports à ce risque qui doivent être changés», explique Brian Bird, virologue chercheur à l’Université de Californie, la Davis School Veterinary Medicine One Health Institute, où il dirige des activités de surveillance liées à Ebola en Sierra Leone et ailleurs.

Les solutions commencent par l’éducation et la sensibilisation

« Nous sommes désormais dans une ère d’urgence chronique», souligne Brian Bird. « Les maladies ont plus de chances de voyager plus loin et plus vite, ce qui signifie que nous devons être plus rapides dans nos réponses. Cela nécessite des investissements, un changement du comportement humain, et cela signifie que nous devons écouter les populations à l’échelle de la communauté. »

Il est essentiel de faire passer le message sur les agents pathogènes et les maladies aux chasseurs, aux bûcherons, aux commerçants et aux consommateurs. «Ces contagions commencent avec une ou deux personnes. Les solutions commencent par l’éducation et la sensibilisation. Nous devons faire prendre conscience aux gens que les choses sont différentes maintenant. J’ai appris en travaillant en Sierra Leone avec des personnes affectées par Ebola que les communautés locales ont le besoin et le désir d’être informées », dit-il. « Ils veulent savoir quoi faire.Ils veulent apprendre. « 

Repenser les infrastructures urbaines et leur planification… tout en nous préparant pour la prochaine épidémie

Éric Fèvre et Cecilia Tacoli préconisent de repenser les infrastructures urbaines, en particulier dans les quartiers pauvres et informels. «Les efforts à court terme visent à contenir la propagation de l’infection», écrivent-ils (https://www.iied.org/coronavirus-threat-looms-large-for-low-income-cities). « Le plus long terme – étant donné que les nouvelles maladies infectieuses continueront probablement de se propager rapidement dans et au sein des villes – appelle à une refonte des approches actuelles de la planification et du développement urbains. »

La conclusion, selon Brian Bird, est de se préparer. « Nous ne pouvons pas prédire d’où viendra la prochaine pandémie, donc nous avons besoin de plans d’atténuation pour tenir compte des pires scénarios possibles», dit-il. « La seule certitude est que la prochaine viendra certainement. »